Les Maians sont les extraterrestres connus sur Terre sous le nom de ‘Petits Gris’. Ils observent la Terre depuis longtemps (plusieurs siècles) et ayant détecté chez les humains un certain potentiel, ils apprécient notre monde et en sont les généreux mécènes. Leur contact sur Terre est Daniel Carrington. Un contact politique officiel reste encore à établir.

Les Skedars sont des guerriers extraterrestres qui ont battu les Maians pendant des siècles jusqu’au récent cessez-le-feu. Ils utilisent de colossales armures mécaniques pour se déplacer et combattre : ils sont en fait de petite taille et ressemblent à des reptiles. Etant très agressifs, la guerre est leur religion et ils y sont tous dévoués.

Il y a des millions d’années, un croiseur d’une puissance colossale fut sabordé dans l’Océan Pacifique par une race extraterrestre, les Cetans. Il était équipé d’une arme jamais utilisée : un découpleur nucléaire, pouvant en théorie briser les liens entre les molécules. Pour que les témoins croient à la destruction du vaisseau, une balise fut envoyée vers la planète mère, et ils détruisirent les sondes couvrant le système solaire dans lequel ils décidèrent de se cacher.

Les Maians découvrirent des signes de vie sur Terre. Bien que disposant d’un certain potentiel, les humains primitifs ne furent pas contactés : les Maians décidèrent d’attendre qu’ils se développent.

Les Maians rencontrèrent les Skedars et s’enlisèrent dans un conflit sans fin. Après des centaines années de guerre, ils arrivèrent finalement à une paix fragile. Les fanatiques Skedars éprouvent constamment la résistance de cette paix en se livrant à des activités terroristes, mais les Maians refusent de se laisser entraîner.

Les Maians se méfient des humains, conscients que de trop nombreuses crises sont survenues sur Terre à cause de conflits technologiques et de malentendus. Ils craignent que l’annonce de leur présence n’entraîne d’autres conflits sur la planète. Ils ont donc décidé d’observé la race humaine jusqu'à ce qu’elle devienne plus mature.

Daniel Carrington anticipa le cours des évènements en contactant un vaisseau maian en orbite autour de la Terre. Il avait un plan qui aiderait humains et Maians, en accélérant la prise de contact entre les deux peuples. Les Maians, qui trouvèrent le plan judicieux et Carrington honnête, aidèrent ce dernier à diffuser leur technologie sur Terre.

Les Skedars fanatiques trouvèrent la sonde messagère provenant du croiseur Cetan. Ils envoyèrent immédiatemment des éclaireurs sur Terre pour enquêter de façon brutale, kidnappant les gens et mutilant les animaux dans leur tentative de récupération du croiseur. Leur enquête les mène dans l’Océan Pacifique, où ils localisent le vaisseau.

Cependant, ils ont besoin d’aide pour y accéder. Ils mènent leur propre étude de la Terre et établissent une liste des sociétés qui possèdent les ressources nécessaires pour les aider à retrouver le vaisseau sabordé. En tête de cette liste figure la dataDyne Corporation. Ils prennent contact avec le PDG de la corporation, Cassandra de Vries et lui font une proposition qui semble trop belle pour être honnête - ce qui est vrai . En échange d’une aide pour sortir ‘leur’ vaisseau de l’océan, ils donneront à la dataDyne assez de technologie pour en faire la plus importante corporation sur Terre. Tout ce que la dataDyne doit faire est de construire une intelligence artificielle avec des capacités linguistiques et de décodage. La dataDyne se met donc au travail.

Cassandra de Vries contacte Trent Easton, le dirigeant de la NSA, et lui expose les détails. Il tente d’obtenir l’approbation du Président pour le prêt d’un bâtiment de recherche océanique à la dataDyne mais échoue. Il n’existe aucun moyen pour les Skedars ou la dataDyne de voler le bateau sans provoquer la colère du gouvernement américain. Ils conçoivent donc un nouveau plan : remplacer le Président par un clône sous leur contrôle. Cela promet à Easton et De Vries une récompense supplémentaire une fois l’opération skedar terminée.

Cependant, ils ne disposent pas de beaucoup de temps pour se réjouir puisque les Skedars ont l’intention de tester le découpleur nucléaire sur la Terre avant d’annihiler les Maians. Mais Cassandra, aveuglée par la possibilité de gagner autant de pouvoir, ne pense même pas à l’éventualité de se faire doubler. Il en va de même pour Trent.

Mais la dataDyne crée la seule chose qui puisse prévoir l’apparition de tels dangers en analysant le flot d’informations dont elle dispose. Cette création, c’est l’IA mise au point pour craquer les codes du croiseur cetan. Lorsque l’IA exprime ses inquiétudes quant à cette mission, De Vries ordonne que l’on modifie sa personnalité. En d’autres termes, la création pense trop. Désespérée, l’IA - sous le pseudonyme du Dr.Caroll - contacte l’Institut Carrington pour demander de l’aide.

Joanna Dark, agent novice, se voit confier une mission d’extraction. Elle doit aider un savant à s’échapper d’un complexe scientifique de haute sécurité, situé sous l’immeuble de la dataDyne. Elle est surprise de découvrir que le Dr.Caroll est en fait une IA créée par la dataDyne mais poursuit néanmoins sa mission de sauvetage. L’alarme donnée, Joanna doit se frayer un chemin jusqu'à l’héliport au sommet de la tour, afin de s’enfuire par la voie des airs.

En réponse à cette agression, la dataDyne capture Daniel Carrington deux jours plus tard et le retient en otage dans sa propre villa. La corporation réclame en échange le retour de leur IA, leur ‘propriété’. Mais ce qu’ils ne savent pas, c’est que l’IA se trouve dans la villa, où Carrington discutait avec elle des plans de la dataDyne. Joanna délivre Daniel, mais ne peut empêcher la dataDyne de récupérer le Dr.Caroll. L’IA en a cependant assez dit à Carrington pour que celui-ci convoque sur Terre un groupe de spécialistes maians.

Joanna est envoyée à Chicago pour espionner les conspirateurs dans l’immeuble G5, une façade de la dataDyne Corp. Elle apprend l’implication de Trent Easton, directeur de la NSA et celle de l’étrange homme d’origine nordique qui semble tout contrôler. Une fois le plan concernant le Président révélé par Trent, Joanna rapporte la situation, mais découvre qu’il y a quelque chose de plus urgent à accomplir en premier lieu. Les spécialistes ont été interceptés par les conspirateurs. Les survivants du crash et l’épave ont été transportés dans le Secteur 51, dans le Nevada. Joanna est larguée dans le secteur afin de contacter un autre agent de l’Institut Carrington, de secourir d’éventuels survivants et de retrouver leur équipement. Lorsqu’elle pénètre dans le labo, Joanna découvre le secret de l’Institut : ses alliés sont des Maians, les extraterrestres connus sous le nom de Petits Gris. L’extraterrestre qu’elle sauve s’appelle Elvis. Il était garde du corps de l’ambassadeur qui était à la tête de spécialistes.

Après avoir aidé les survivants de la délégation Maian, Joanna peut s’occuper des plans de la dataDyne concernant le Président. Elle se fait passer pour un membre de l’entourage du Président pour accéder à la base aérienne où Air Force One est stationné. Elle réussit ensuite à se cacher à bord de l’avion. Une fois en vol, Trent et les Skedars occultés se manifestent, mais Joanna est là pour les arrêter. Elle escorte le Président jusqu’à la capsule de sauvetage, tandis que des hommes de Trent parcourent l’avion à la recherche du Président. Ils désirent entraîner ce dernier à bord de l’OVNI skedar, arrimé à AF1 par une passerelle amovible. Joanna endommage la passerelle, mais ne parvient pas à la détruire. Elle appelle Elvis à la rescousse et celui-ci décide de s’écraser sur Air Force One. La capsule de sauvetage est éjectée et les trois box_titres s’écrasent dans le désert glacé de l’Alaska.

Joanna reprend connaissance et essaie de faire son rapport, mais elle s’aperçoit que sa communication est brouillée par une transmission provenant de l’box_titre skedar. Elle se met en route dans la neige pour retrouver le Président et Elvis. Elle rencontre des escouades de Skedars occultés qui recherchent le Président. Elle suit un groupe jusqu’au vaisseau skedar abattu, où elle découvre un clone du Président. Elle le détruit et coupe le brouilleur, puis appelle la cavalerie. Les plans skedars ont été déjoués une fois de plus, le Président est sauf et Trent exécuté de façon atroce par les Skedars pour son incompétence.

Au mépris de toute prudence, la dataDyne et les Skedars s’emparent du Pelagic II - le bâtiment d’études océaniques du gouvernement - et se dirigent vers le lieu où se trouve le vaisseau cetan. Joanna et Elvis s’introduisent à bord du bateau pour y semer le désordre et découvrir quel est le grand projet. Après avoir saboté les opérations de plongée et rappelé le sous-marin, ils plongent vers les profondeurs de l’océan, où ils aperçoivent le croiseur cetan pour la première fois. Ils pénètrent dans le vaisseau via le passage ouvert par les Skedars et tombent sur un guerrier skedar mort...Apparemment, l’escouade d’assaut n’a pas eu la partie facile. Après avoir combattu les Skedars et évité les Cetans, Joanna et Elvis atteignent le cœur du vaisseau. Là, ils découvrent l’IA qui était le Dr.Caroll. Une fois sa personnalité restaurée, le Dr.Caroll presse Joanna et Elvis de quitter le vaisseau, qu’il a l’intention de détruire une bonne fois pour toutes.

De retour à l’Institut Carrington, Joanna est sur le point de partir à un cocktail présidentiel à la Maison Blanche lorsque l’enfer se déchaîne. Les survivants de l’équipe d’assaut skedar libèrent leur vengeance sur les responsables de leur échec. Joanna parcourt l’Institut en essayant d’escorter un maximum d’employés vers les hangars, tandis que les Skedars attaquent différentes parties du bâtiment. Tandis que la majorité des employés quittent les lieux, Joanna retient les Skedars avant de se faire assomer et capturer.

Elle se réveille dans une pièce à bord du croiseur skedar avec Cassandra comme compagnon de cellule. Cette dernière se sacrifie pour permettre à Joanna de s’échapper. Elle parvient à abaisser les boucliers des zones d’amarrage et Elvis arrive avec quelques amis pour une petite partie de tir aux pigeons.

Le vaisseau capturé se place en orbite autour de la planète où se trouve l’Autel de Bataille skedar. Elvis est abasourdi : les Maians n’ont jamais réussi à trouver cet endroit, le saint des saints des Skedars. Si l’Autel était détruit, cela anéantirait le moral des Skedars et une véritable paix pourrait être instaurée à la place d’un cessez-le-feu instable. Joanna se charge du chef des Skedars, le Grand Prêtre de l’Autel de Bataille tandis qu’Elvis retourne au croiseur pour contacter la flotte Maian.

L’histoire se termine avec le temple en ruines...Elvis demande un répit dans le bombardement afin de pouvoir trouver Joanna. Elle est vivante, coincée sous des gravats et retenue pas un Skedar accroché à sa jambe. Elvis lui tend une arme pour convaincre le Skedar de la laisser partir. Les deux héros quittent ensuite la planète.